Arrêts de travail : de gros changements sont prévus à la rentrée

À partir du 1er septembre 2026, les règles du jeu changent pour tous les salariés disposant d'un arrêt de travail. Un décret publié le 12 juin 2026 plafonne désormais la durée des prescriptions à 31 jours maximum pour une première ordonnance, et 62 jours pour toute prolongation. Au-delà des contraintes administratives, l'impact financier sur les ménages reste largement sous-estimé. Pour un salarié gagnant 3 000 euros bruts par mois, l'addition risque de surprendre.

Combien vous allez perdre : calcul du manque à gagner pour les salariés

La perte de revenus commence bien avant septembre. Depuis le 1er avril 2025, le plafond de calcul des indemnités journalières a été abaissé à 1,4 fois le SMIC, contre 1,8 fois auparavant. Conséquence immédiate : l'indemnité journalière maximale plafonne à 41,95 euros bruts par jour en 2026. Tout salarié gagnant plus de 2 552 euros bruts par mois subit déjà une amputation de ses revenus en cas d'arrêt maladie.

31 jours max : quand l'indemnité journalière devient une béquille insuffisante

Prenons un exemple concret. Un cadre avec un salaire brut mensuel de 3 500 euros tombe malade pour une pathologie nécessitant six semaines de repos. Avant la réforme, son médecin prescrivait un arrêt de 42 jours d'un seul tenant. Désormais, la limite de 31 jours impose un renouvellement après un mois. Plus grave, le calcul de l'indemnité journalière s'effectue sur une base de 2 552 euros au lieu de 3 500 euros réels. Perte sèche : environ 27% du revenu normal pendant toute la durée de l'arrêt.

Les trois premiers jours restent sans indemnisation (délai de carence). Sur les 28 jours restants du premier mois, le salarié perçoit environ 1 175 euros nets au lieu des 2 040 euros qu'il aurait touchés avec son salaire complet. Le déficit atteint 865 euros pour le seul premier mois. Sur six semaines, la facture grimpe au-delà de 1 200 euros. Sans compter les démarches administratives répétées pour obtenir la prolongation.

Les salaires au-delà de 2 600 euros, les grands perdants de la réforme des arrêts de travail

Les chiffres officiels le confirment : dès 2 600 euros bruts mensuels, la réforme frappe réellement les ménages. À partir de 3 000 euros, l'effet devient vraiment significatif. Pour un salaire de 4 000 euros bruts, la perte peut dépasser 40% du revenu habituel en cas d'arrêt prolongé. Les cadres moyens, professions libérales et techniciens qualifiés constituent les principales victimes de ces nouvelles règles.

La fonction publique n'échappe pas non plus à l'austérité. Depuis le 1er mars 2025, les agents en congé maladie ordinaire ne touchent plus que 90% de leur traitement pendant les trois premiers mois, contre 100% auparavant. Au-delà, la rémunération chute à 50% pendant neuf mois. Double peine pour les fonctionnaires malades : revenus amputés et durée de prescription limitée.

Le coût administratif pour les entreprises : bureaucratie accélérée

Les salariés ne sont pas seuls à payer. Les employeurs doivent désormais gérer des flux d'arrêts plus courts, donc plus fréquents. Un service RH qui traitait auparavant un arrêt de deux mois en une seule procédure doit maintenant en traiter trois : prescription initiale de 31 jours, puis deux prolongations de 62 jours maximum chacune. Multiplication par trois des déclarations, des contrôles, des mises à jour de planning. Dans une PME de 50 salariés avec un taux d'absentéisme moyen de 5%, cela représente environ 2,5 équivalents temps plein absents en permanence. Si la moitié des arrêts dépasse désormais 31 jours, le nombre de renouvellements double. Le temps consacré au suivi administratif augmente mécaniquement de 30 à 40%. Un médecin interrogé par Mobilicités résume : « On va passer plus de temps à justifier qu'à soigner si on n'a pas d'outils simples. »

Les entreprises doivent également anticiper des retours différés. Un salarié en arrêt long ne reviendra plus après huit semaines comme prévu, mais après 31 jours pour un bilan, puis repartira potentiellement pour 62 jours supplémentaires. La gestion prévisionnelle des effectifs devient un casse-tête permanent. Les remplacements temporaires se compliquent, les intérimaires refusent des missions trop courtes ou trop incertaines.

Autre conséquence invisible : la tension sur les médecins traitants. Ceux-ci doivent recevoir plus souvent les mêmes patients, rédiger des justifications détaillées pour toute prolongation au-delà du plafond, et assumer une responsabilité accrue en cas de contrôle de l'Assurance maladie. Résultat : des délais d'attente allongés, des consultations expédiées, et une qualité de suivi qui risque de pâtir de la pression administrative.

La réforme du 1er septembre 2026 ne vient pas seule. Elle s'inscrit dans une série de mesures qui convergent toutes vers le même objectif : réduire massivement les dépenses d'indemnités journalières. Entre 2019 et 2023, ces dépenses ont grimpé de 28%, atteignant 11,6 milliards d'euros en 2023. Le rythme annuel moyen de 6,7% inquiète le gouvernement, qui multiplie les coups de frein depuis début 2025.

Abaissement de l'IJ (avril 2025), réduction fonction publique (mars 2025), et maintenant les plafonds (septembre 2026)

Premier choc : avril 2025. Le plafond des indemnités journalières passe de 1,8 à 1,4 fois le SMIC. Deuxième choc : mars 2025, un mois plus tôt. La fonction publique voit ses agents perdre 10% de rémunération dès le premier jour de maladie. Troisième choc : septembre 2026. La durée des prescriptions se trouve bridée à 31 jours, forçant renouvellements et justifications médicales.

Les syndicats médicaux dénoncent une approche purement comptable qui ignore les réalités du terrain. Les arrêts longs (plus de 90 jours) représentent seulement 7% du volume total, mais 45% des dépenses totales. Plafonner les prescriptions courtes ne résout pas le problème structurel des pathologies chroniques et des arrêts pour troubles psychiques, en hausse constante depuis 2019. Le texte prévoit des exceptions si l'état de santé du patient le nécessite, mais avec documentation obligatoire. Les médecins craignent une judiciarisation rampante de leur pratique : chaque prolongation au-delà de 31 jours devra être argumentée, justifiée, archivée. La télémédecine reste possible pour les prolongations, mais uniquement avec le médecin traitant habituel. En cas de téléconsultation avec un praticien inconnu, la durée maximale tombe à trois jours seulement.

Quelques secteurs échappent partiellement aux nouvelles contraintes. Mayotte reste hors périmètre du décret. Les arrêts de travails pour accidents professionnels ou maladies professionnelles suivent des règles distinctes, tout comme les affections de longue durée (ALD) prises en charge à 100%. Mais pour la majorité des salariés, la rentrée 2026 marque un tournant : moins d'argent, plus de paperasse, et des parcours de soin fragmentés par des plafonds arbitraires.

En résumé : cette réforme des arrêts de travail économisera quelques centaines de millions à l'Assurance maladie, mais transférera une partie des coûts vers les ménages et les entreprises. Les perdants sont identifiés : salariés au-dessus de 2 600 euros bruts, PME gérant plusieurs arrêts simultanés, et médecins submergés par les renouvellements. Les gagnants ? Le budget de la Sécurité sociale à court terme. Reste à savoir si la facture sociale à moyen terme ne dépassera pas l'économie comptable immédiate.