Facturation électronique : une réforme coûteuse, complexe, à la sécurité mal assurée

Le Syndicat des Indépendants et TPE dénonce les trois principales difficultés de la réforme de facturation électronique obligatoire à partir de septembre 2026 : coûts supplémentaires pour les petites entreprises en difficulté, complexité administrative accrue et garanties de sécurité des données insuffisantes. Le SDI appelle au respect de la politique de tolérance promise par le Gouvernement.

Marc Sanchez (1)
By Marc Sanchez Published on 2 septembre 2026 7h04
Facturation Comptabilite En Ligne
Facturation électronique : une réforme coûteuse, complexe, à la sécurité mal assurée - © Economie Matin
50%Les factures représentent 50% des documents d'une entreprise.

Les TPE vont entrer dans une réforme coûteuse, complexe et encore source d'interrogations sur la sécurité des données. Le Gouvernement a promis tolérance et bienveillance lors de son démarrage. Nous en prenons acte et nous veillerons à ce que cet engagement soit pleinement respecté sur le terrain. Les professionnels de bonne foi ne doivent pas devenir les victimes des difficultés de mise en œuvre d'une réforme qu'ils n'ont pas choisie.

À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être en capacité de recevoir leurs factures sous format électronique. Les grandes entreprises et les ETI devront également les émettre sous ce format, tandis que les TPE et PME ne seront soumises à cette obligation d'émission qu'au 1er septembre 2027.

Or, à fin juillet, près d'un tiers des TPE et PME n'avaient toujours pas choisi leur plateforme agréée, selon les données communiquées par la DGFiP. Pour le SDI, cette réforme cumule aujourd'hui trois difficultés majeures : un coût supplémentaire, une complexité administrative accrue et des garanties de sécurité encore insuffisamment rassurantes.

Une réforme coûteuse dans un contexte économique dégradé

Plateforme, adaptation ou changement de logiciel, paramétrage, accompagnement comptable, temps administratif : la facturation électronique représente un coût supplémentaire pour les professionnels indépendants. Cette nouvelle charge intervient alors que la situation économique des TPE reste particulièrement fragile. À fin juin 2026, la Banque de France recensait 70 803 défaillances d'entreprises sur douze mois, dans le prolongement d'une hausse continue engagée depuis 2022.

Pour les petites entreprises dont les marges et les trésoreries sont déjà fortement contraintes, le calendrier choisi est particulièrement malvenu.

Une réforme qui commence par complexifier la facturation

Le démarrage risque également de créer une situation paradoxale. Lorsqu'une grande entreprise adressera une facture électronique à un professionnel qui n'est pas encore effectivement raccordé, elle pourra être conduite à lui transmettre parallèlement cette même facture par un canal traditionnel afin de garantir sa réception et son paiement.

La réforme risque ainsi de commencer par la coexistence de plusieurs circuits pour une même facture, avec des risques de doublons comptables ou de doubles paiements. Les échanges entre TPE resteront eux aussi complexes pendant un an : celles-ci devront recevoir leurs factures électroniquement dès septembre 2026, tout en pouvant continuer à émettre leurs propres factures selon les modalités actuelles jusqu'en septembre 2027.

Une sécurité des données qui interroge

Enfin, la réforme conduit les entreprises à faire transiter des données particulièrement sensibles sur leurs clients, leurs fournisseurs, leurs prix et leur activité. Les récents accès illégitimes au système d'information de la DGFiP, ayant permis l'extraction de données de particuliers et de professionnels, démontrent que le risque de fuite de données ne peut être considéré comme théorique.

Sans remettre en cause le principe même de la dématérialisation, le SDI estime que le niveau de sécurité du dispositif et les responsabilités de chacun en cas de fuite doivent être parfaitement clarifiés.

Le SDI sera vigilant sur le respect de la parole de l'État

Face aux difficultés prévisibles du démarrage, le Gouvernement a annoncé une politique de « tolérance et de bienveillance » à l'égard des entreprises de bonne foi. Le SDI prend acte de cet engagement.

Il sera toutefois particulièrement vigilant sur sa traduction concrète dès le 1er septembre : aucune TPE engagée de bonne foi dans la mise en conformité ne doit être sanctionnée en raison d'un retard d'équipement, d'un dysfonctionnement technique, d'une difficulté de raccordement à une plateforme ou d'une période d'adaptation nécessaire.

Pour le SDI, la réussite de cette réforme dépend désormais aussi du respect de la parole donnée par l'État aux entreprises.

Marc Sanchez (1)

Marc Sanchez est Secrétaire Général du Syndicat des Indépendants (SDI) depuis 1993. Le SDI est la seule organisation interprofessionnelle patronale apolitique et financièrement indépendante dédiée à l’ensemble des entreprises de moins de 20 salariés, qui représentent 98 % des entreprises françaises, à savoir : les indépendants, TPE (Très Petites Entreprises) et PME (Petites et Moyennes Entreprises).   Les missions du Syndicat : • Donner la parole aux Indépendants, TPE et PME • Porter leurs voix • Replacer leurs propositions au cœur des décisions économiques et politiques   Aujourd’hui, le SDI représente 25 000 dirigeants, commerçants, artisans et professions libérales.

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