La Cour des comptes exige la généralisation du carnet de vaccination électronique d’ici 2028. Malgré 1,4 milliard d’euros investis annuellement, la France ignore le degré réel de protection de sa population. Avec seulement 35% d’utilisateurs de « Mon Espace Santé » et 11% de données vaccinales enregistrées, le retard numérique menace l’efficience économique et la réponse épidémique.
Santé : bientôt un carnet de vaccination électronique obligatoire ?
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Published on 8 septembre 2026 10h30
35%Selon les chiffres de la Cour des comptes, seulement 35% des assurés sociaux ont installé l'application
La France consacre 1,4 milliard d'euros par an à sa politique vaccinale sans avoir une vision claire du niveau de protection de sa population. Selon un rapport récent de la Cour des comptes, l'absence d'un carnet de vaccination électronique généralisé constitue un obstacle économique majeur, notamment en cas d'épidémie. L'institution préconise son adoption complète d'ici 2028, pour mettre fin à 15 ans d'inertie numérique.
1,4 milliard d'euros de vaccination : pourquoi l'absence de suivi coûte cher
En 2024, la France alloue 1,4 milliard d'euros à la vaccination, selon la Cour des comptes. Pourtant, ce budget est investi dans un système sans suivi précis : impossible de savoir qui est protégé, qui a besoin d'un rappel, ou quelle proportion de la population est vulnérable. Amélie de Montchalin, présidente de la Cour des comptes, déclare : « L'absence d'un carnet de vaccination électronique à jour est un obstacle majeur pour notre protection personnelle et un point faible en santé publique. En cas d'épidémie, le niveau de protection de la population est inconnu. »
Généraliser le carnet électronique d'ici 2028 : quel coût, quel bénéfice ?
La Cour des comptes fixe un objectif ambitieux : chaque assuré social doit disposer d'un historique vaccinal numérique complet d'ici fin 2028. Ce projet nécessite de rattraper quinze années de données papier éparpillées. L'investissement initial concernera la formation des professionnels de santé, la mise à jour des logiciels médicaux et la sensibilisation du public. Les bénéfices attendus sont conséquents : en cas d'épidémie, la possibilité de cartographier rapidement les zones vulnérables et de cibler les populations prioritaires constitue un avantage stratégique considérable.
Les obstacles techniques et organisationnels à l'adoption
L'inefficacité actuelle est en grande partie due à l'incompatibilité des systèmes informatiques des médecins et vaccinateurs. Leurs logiciels ne permettent pas la transmission rapide des données vers « Mon Espace Santé ». Si les pharmaciens, munis d'outils connectés, participent activement lors des vaccinations antigrippales, les autres professionnels s'en tiennent aux carnets papier, faute d'interopérabilité. La généralisation du carnet électronique nécessite donc un investissement significatif dans la modernisation des équipements médicaux et l'harmonisation des protocoles d'échange de données. La Haute Autorité de Santé devra également évaluer rigoureusement les nouveaux vaccins pour justifier leur inclusion dans le calendrier vaccinal.
Économies attendues en cas d'épidémie et prévention des surcoûts
Un carnet électronique opérationnel transformerait la gestion des épidémies. En cas de crise sanitaire, les autorités pourraient identifier rapidement les populations protégées, anticiper les besoins en vaccins, éviter le gaspillage et réduire les coûts d'hospitalisation grâce à une prévention ciblée. Les 47 millions d'euros économisés sur la grippe entre 2017 et 2018 représentent une fraction du potentiel. Appliqué à toutes les pathologies évitables par vaccination, un système performant pourrait générer des centaines de millions d'euros d'économies annuelles tout en améliorant la santé publique. L'enjeu dépasse la simple modernisation administrative : il s'agit d'optimiser chaque euro investi en prévention.
Un délai de 2 ans pour rattraper 15 ans d'inertie
La Cour des comptes accorde deux ans pour combler le retard accumulé depuis 2011. Le défi est immense : numériser les historiques vaccinaux de millions de Français, former les professionnels de santé, convaincre les réticents et moderniser les infrastructures informatiques. Cependant, ne pas agir coûte plus cher. Chaque épidémie sans cartographie précise des personnes protégées augmente les dépenses de santé, les arrêts de travail et les hospitalisations évitables. La recommandation de la Cour des comptes souligne une réalité économique simple : investir maintenant dans le numérique sanitaire apportera des bénéfices sur le long terme. Reste à voir si les pouvoirs publics passeront à l'action.