Formulaire papier rejeté, calcul des indemnités revu, droits aux congés renforcés : l’arrêt maladie évolue en 2025. Tour d’horizon des nouvelles règles à connaître, alors que plusieurs mesures sont entrées en vigueur dès le 1er septembre.
Salarié en arrêt maladie : les droits à connaître en 2025
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Published on 13 septembre 2025 17h00
Depuis le 1er janvier 2025, plusieurs ajustements importants ont transformé le régime de l’arrêt maladie en France. Les réformes visent à sécuriser les procédures, à encadrer les indemnisations et à mieux articuler les droits des salariés. De nouvelles règles sont notamment applicables depuis le 1er septembre 2025, touchant tant les arrêts papier que les conditions de calcul des indemnités journalières.
Un nouveau formulaire papier imposé à partir de septembre
Depuis le 1er septembre 2025, les professionnels de santé doivent impérativement utiliser un formulaire papier sécurisé pour tout arrêt maladie non transmis par voie dématérialisée. Cette nouvelle exigence administrative s’applique dans les cas où le médecin ne peut utiliser le circuit numérique habituel. Le formulaire concerné, référencé sous le numéro S3116g (05/2024), comprend désormais un QR code d’identification et un filigrane anti-fraude.
Tout autre support — qu’il s’agisse de formulaires imprimés à partir de logiciels de prescription, de scans ou de photocopies — est désormais rejeté automatiquement par l’Assurance Maladie. Cette règle s’applique sans exception, comme le précise le site officiel service-public.fr : « Les anciens formulaires papier sont devenus irrecevables à compter du 1er septembre 2025 ».
Ce renforcement vise à limiter les fraudes et à harmoniser les procédures entre médecins et employeurs. Il oblige également les praticiens à commander les nouveaux formulaires auprès de l’Imprimerie nationale, ce qui induit un délai logistique que certains syndicats dénoncent comme pénalisant.
Vers une indemnisation plus restreinte pour certains salariés
L’année 2025 marque aussi un tournant dans les conditions d’indemnisation des salariés en arrêt maladie. Depuis le 1er avril 2025, les indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale sont calculées sur la base d’un plafond plus bas : le salaire journalier de référence est désormais limité à 1,4 fois le SMIC, contre 1,8 précédemment.
En pratique, cela signifie qu’un salarié percevant un revenu brut élevé verra sa compensation réduite. Cette mesure s’inscrit dans une logique de réduction des dépenses publiques. Elle impacte principalement les cadres et professions intermédiaires.
Dans la fonction publique, une réforme complémentaire est entrée en vigueur le 1er mars 2025. Les agents — qu’ils soient titulaires ou contractuels — ne perçoivent plus 100 % de leur traitement indiciaire pendant les trois premiers mois d’arrêt maladie, mais seulement 90 %. Ce taux s’applique à tous les congés pour maladie ordinaire. Par ailleurs, le jour de carence, non rémunéré, reste en vigueur, sans aménagement prévu.
Des droits renforcés en matière de congés pendant l’arrêt maladie
Autre évolution notable : les droits à congés payés ont été précisés, dans la continuité de plusieurs décisions européennes et nationales. Depuis 2024, mais confirmés en 2025, les salariés en arrêt maladie — qu’il s’agisse de pathologies professionnelles ou non — continuent d’acquérir des congés payés pendant toute la durée de l’arrêt. Ce droit, longtemps controversé en France, est désormais pleinement reconnu.
Cette clarification légale concerne aussi les agents de la fonction publique. Un agent qui tombe malade durant ses vacances peut obtenir le report de ses jours de congé annuels non utilisés. Ce report peut aller jusqu’à 15 mois après la fin de la période de référence, selon les situations. Ces dispositions alignent désormais le droit français sur les exigences du droit européen en matière de protection des salariés en arrêt.
Selon le communiqué de la Cour de cassation publié le 10 septembre 2025, cette reconnaissance est « conforme aux standards internationaux et au principe d’égalité de traitement entre salariés absents pour maladie et les autres ».